据说基拉祈只有一千年才会醒来一次，吸收千年彗星的力量，反哺给大地，从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕，魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安，将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。 　　为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚，他们便在这里吃晚饭，并决定在此露营过夜。深夜，当大家都在睡梦中时，一群车队从山的那头驶过来，惊醒了小智一行人。在游乐场的小市上，小遥买下了一款挂饰“圆梦之星”，据说，在可以看见千年彗星的七天之间，每天晚上都默念愿望，折入一个星星的角，等第七个夜晚结束的时候愿望必定会达成。小智和小胜意外成为了魔术师巴特勒的幸运观众（因为小胜听到了黛安手中结晶发出声音而跑向舞台）。巴特勒告知小胜是吉拉祈发出了声音，随后将结晶托付...

在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。 　　当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 　　在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在...

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难…… 　　本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典。 　　就这样，小智和伙伴们踏上了寻找玻璃球的旅途，哪知道不仅遇到了前来捣乱的火箭队，还遭到了闪电鸟的袭击。就在千钧一发之际，吉尔露现身捕捉了闪电鸟，之后又企图捕捉急冻鸟，吉尔露的最终目的，是召唤出传说中的神兽洛奇亚。让吉尔露没有想到的是，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟之前竟然开始了激烈的战斗。

派（小弗雷迪·普林兹 Freddie Prinze Jr. 配音）是一条看上去非常不起眼的小鱼，可实际上，他出身于波斯顿最高海军部队。在一场事故中，派不幸的失去了父母，悲伤的他不愿意再留在伤心地，于是决定只身一人前往加勒比海岸。在旅行的途中，派结识了超级模特科德莉亚（埃文·蕾切尔·伍德 Evan Rachel Wood 配音），两条小鱼很快就看对了眼，走到了一起。然而，当地著名的混混沙克（布莱斯·贝克汉姆 Brice Beckham 配音）一直非常想要得到科德莉亚，即便她已经名花有主，但是沙克还是不断的骚扰着她。派怎能对此坐视不管？即便对方是一条让他感到非常恐惧的鲨鱼，派还是勇敢的向沙克发起了挑战。

达康一家生活在石器时代，除了出门都骑长毛象、晚餐常吃蝙蝠汤，上班上学、聊天打屁的日常，简直跟现代没两样。当青春期女儿食用神秘苔鲜陷入昏迷，自责的爸爸向巫医求助，进入混沌拯救女儿，两人却意外穿越时空，到现代的连锁家具店走了一遭。清醒后，整个部落没人相信他们的魔幻经历。然而，爸爸带回的一只神奇扳手，将为人类文明带来巨大冲击??

查理·布朗热爱露营，决心让自己的最后一年过得特别。但第一次参加露营的莎莉却对这个陌生的新地方感到紧张和疑虑。就在大家安顿好营地时，史努比和伍德斯托克发现了一张藏宝图，这张地图指引他们踏上附近的野外探险之旅。

这部动画将呈现路飞十年前与香克斯的约定，以及由此开启伟大冒险的路飞与索隆、娜美、乌索普、山治的相遇和他们成为同伴的点点滴滴，这些令人难忘的场景将悉数呈现！路飞与乔巴、罗宾、弗兰奇、布鲁克五人相遇时，他们正在做什么呢？！原作漫画封面插图的一部分将在片尾字幕中首次动画化！