20世纪30年代，日本帝国主义的铁蹄在华夏大地肆虐，千千万万的普通人家遭受惨烈荼毒。夏家镖局遭到日本人灭门，夏家的女儿潇雪（姚芊羽 饰）侥幸逃过一劫，在此过程中与平凡书生邂逅唐问生（吴卓羲 饰）。短暂的相遇过后，两人分别踏上不同的人生之路。潇雪随着大姐（萨日娜 饰）加入共产党，问生则在叔叔唐定乾的安排下进入军统训练营受训。学成的问生更名绍岩打入共产党内部，在与潇雪重逢后两人结为夫妇。而另一方面，唐定乾暗中替日本人卖命。
《康熙微服私访记3》沿袭前两部借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，分为“锦袍记”、“食盒记”和“铃铛记”三个单元故事组成。“锦袍记”中康熙（张国立饰）派大太监三德子（赵亮饰）回故里调查贪官一事，然而当牵扯进亲情之后事情开始变得难以取舍；“食盒记”由宜妃（邓婕饰）的亲戚噶礼送的食盒引发；而在“铃铛记”中，康熙竟然独身离宫，当起了普通老百姓。
该剧讲述了事业型女强人时千金（李羽桐 饰）在遭遇一起意外事故醒来后手腕上莫名多了一块正在倒计时 30 天的手表，为了让手表暂停，机缘巧合下认识了人生观与她完全相反的宠物丧葬店老板——周清言（吕昀峰 饰），从而展开了一段奇幻浪漫的爱情故事。
即将到站的缆车突然失控，如断线风筝一般从高空滑落，骤停悬于半空之中。车内七名乘客惊慌失措，然而这一切都是索道上的缆车司机——慧慧周的计划。原来，慧慧周的女儿离奇失踪。她握紧女儿日记本中留下的蛛丝马迹，寻找失踪的女儿…
久居草药寨的板蓝根精怪小蓝（林小宅 饰），意外救下了竟能突破草药寨结界的医官阿九（潘毅鸿 饰），谁知阿九除了是备受敬仰的“九神医”，更有隐藏身份——抓捕草药精怪的上清司统领玖冥。小蓝与阿九意外结为同死同伤的灵配关系，就此展开了一场猫鼠游戏，并由此揭开了二人前世今生的两世牵绊。
老鼠娶亲过大年，进了洞房就生崽，子孙满堂，福！ 农民生儿传香火，赚了女娃还赔金，夫妻冤家，爱！ 在大磨村流行着这样一个顺口溜“该扎不扎，房倒屋塌；该流不流，扒房牵牛。”村民朱六子 思想守旧、重男轻女，在老婆接连生了三个丫头之后，落下个无家可归。面对村里干部的围追堵 截，他拖大带小突破重重艰难险阻，来到大北京，藏身于茫茫人海之中，为生育第四胎而奋斗。乡 巴佬进京，笑话一出接一出。第一次干活就被老板棒打出门，第二次好心助人差点成了谋杀犯，第 三次好出风头误当了嫖娼犯。吃一亏，长一智。朱六子很快就学会了忽悠人的套路，他托关系，开 公司，打广告，招揽各路生意。生意是红火了，但是要不到工钱。就快过年了，他假扮黑社会上门 要债，结果被戳穿，反而被迫去打黑拳……哎呀，故事是笑料百出，保你笑到喷饭。
讲述了养尊处优的醉梦国郡主黎颂儿（包上恩 饰）意外穿进《唯我独尊》话本里，阴差阳错与“大魔头”顾渊（张峻宁 饰）相识。黎颂儿用尽浑身解数逃脱“大魔头”，却因逃回醉梦国的关键是顾渊，被迫留在其身边与之相爱相杀的故事。
落魄千金程又然为报弑母、夺家之仇换脸埋名，借用好友苏心悦的身份与星云集团继承人、杀母仇人之子许时安假意订婚。在搜集罪证的过程中，程又然的真实身份逐渐被许时安识破，然而，许时安没有揭露而是默默守护并暗中协助程又然的复仇计划。程又然剥开层层真相，发现当年的罪魁祸首竟另有其人。
1932年淞沪抗战期间，化名陶兰的日特策划毁灭中共地下党小组，清洗助战抗日的上海帮会排会。潜伏在排会的地下党员沈放死里逃生，接洽新的党组织烽火小组，调查前党小组和排会遇袭真相，后因斗争需要脱离排会打入敌特，遭追求进步的妻子洪瑾儿误解，排会分裂。1936年，陶兰冒充地下党潜回上海，与其安插在国民党特务机关的爪牙元杰勾结，拉拢排会陷害沈放，迷惑烽火小组，推行旨在破坏抗日激化国共矛盾的苍龙计划。沈放和烽火配合，迷惑国民党反共势力，积极引导洪瑾儿，争取排会长老昌叔和主张抗日的国民党干员周一帆、陈白羽，破获并粉碎苍龙计划，跟陶兰元杰彻底清算，付出巨大牺牲，取得胜利，团结抗日力量，投入全民族抗战洪流。
女主小如是只会点鸡毛蒜皮武艺的江湖小白，古灵精怪，穷萌且怂，表面坑蒙拐骗又贪财，内心乐于助人，忽然变成了被人欺负的傻子小姐慕容洙宛。对爱懵懂无知的小如，在遇到了喜欢之人慕容冲后，被迫卷入江湖纷争，也遇到了以为惨遭背叛而因爱生恨的符宏。慕容冲、洙宛、苻宏三人在江湖各种阴谋中艰难生存，互相之间的矛盾也愈演愈烈。他们三人在享受荣耀与权利的同时，也背负了压力和责任，在陌生的逆境中成长，为爱而变得勇敢坚强，为爱而努力，最终三人携手共闯江湖。
故事的主人公是反恐特战队队长钟原，他在执行任务中成功击毙了猛犸组织的二号人物，却因此引来了该组织的复仇行动。在解救妻子赵欣的过程中，钟原不幸被注射了一种病毒，导致他倍受折磨。与此同时，DK生物公司的董事长江寒（何晟铭 饰）邀请赵欣（牟星 饰）及其父亲参加公司的“有益菌”研究项目。赵欣是生化专业的高材生，也是钟原的初恋情人。在钟原所在的反恐指挥中心得知T国的请求后，决定派遣专家潜入DK公司调查。赵欣在失去爱子后主动请缨“退出现役”，深入虎穴，开始调查有关DK公司的情况。随着一系列接连不断的恐怖事件发生，一个名为“新纪元计划”的阴谋逐渐浮出水面。钟原尽管身处病痛之中，仍然率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员，决定绝地出击。在他的爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的协助下，他们成功粉碎了恐怖组织的连环阴谋和生化袭击，揭露了江寒利用“有益菌”制造病毒的真实计划。
