《康熙微服私访记2》沿袭该剧借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，分为“馒头记”、“桂圆记”和“霞帔记”三个单元故事组成。“馒头记”里讲述康熙五十年，康熙（张国立饰）正值微服私访时居然被当地豪强骗进金矿做苦工；“桂圆记”发生在康熙五十一年，康熙抱病，宜妃（邓婕饰）让三德子（吴军饰）请太医为其诊治，病情反而加重。原来都是假药作祟，康熙愈后出宫，严惩不法之徒；“霞帔记”里讲述康熙五十二年，康熙大义灭亲，整治裙带关系。
故事发生在20世纪30年代的川藏一带，中甸地区的草原上，彪勇孔武的青年扎西平措（胡歌 饰）纵马奔驰。童年时发生在母亲身上的悲惨一幕，让怀着报仇念头的他跟随虫草老爹进入九龙湾当了马贼。成年后，为了救回被人抓走的虫草老爹，扎西劫走了土司多吉（巍子 饰）及其女儿勒仓卓玛（王力可 饰）。这是一场由阴谋导致的误会，却让青年和美丽的卓玛结下不解之缘。大时代背景下，川藏自然无法偏安一隅。中甸国民政府县长王大隆妖魔化共产党，策动多吉的弟弟桑吉（多布杰 饰）篡夺土司位置，阻止红军进藏。
“逆仙缠身”的少女云朝颜巧遇“收复逆仙”的月神任时缺，为了摆脱逆仙，云朝颜千方百计地缠住任时缺，由此二人展开了一段相生相伴的奇幻之旅，而他们的羁绊还不只于此……
全职妈妈沈彗星曾是顶尖大学高材生，婚后她选择相夫教子，把才能用在了经营家庭上。丈夫盛江川在职场打拼，工作异常繁忙无暇陪伴妻女，家庭责任全部落在了沈彗星身上。女儿年纪渐长，沈彗星觉得时机成熟，决定重返职场，却与盛江川任职的公司产生竞争关系。而她进入职场后，要求盛江川分担更多家庭责任，又导致二人摩擦不断。一次意外事件的发生放大了沈彗星和盛江川之间的裂痕，触发了两人间的离婚大战。其后，沈彗星渐渐在职场重获认可，盛江川也在和女儿的相处中理解了妻子的付出，两人渐渐找回对彼此曾经的爱恋。这对年轻夫妻在职场交锋和情感碰撞中各自成长，最终学会了以更成熟的方式面对家庭和事业。他们选择相信彼此，携手成长，事业上共同奋战，家庭里分担责任。
老鼠娶亲过大年，进了洞房就生崽，子孙满堂，福！ 农民生儿传香火，赚了女娃还赔金，夫妻冤家，爱！ 在大磨村流行着这样一个顺口溜“该扎不扎，房倒屋塌；该流不流，扒房牵牛。”村民朱六子 思想守旧、重男轻女，在老婆接连生了三个丫头之后，落下个无家可归。面对村里干部的围追堵 截，他拖大带小突破重重艰难险阻，来到大北京，藏身于茫茫人海之中，为生育第四胎而奋斗。乡 巴佬进京，笑话一出接一出。第一次干活就被老板棒打出门，第二次好心助人差点成了谋杀犯，第 三次好出风头误当了嫖娼犯。吃一亏，长一智。朱六子很快就学会了忽悠人的套路，他托关系，开 公司，打广告，招揽各路生意。生意是红火了，但是要不到工钱。就快过年了，他假扮黑社会上门 要债，结果被戳穿，反而被迫去打黑拳……哎呀，故事是笑料百出，保你笑到喷饭。
法医医学生江蓠穿进一款解谜破案游戏，化身成为一名古代小任作。为了通关，江篱与任作沈修宁、捕头李沧浪联手，靠着科学的方式揭开迷信背后的悬案，还原真相，最终也在险象环生的案件中，寻觅到此生真爱。
鼓楼外一位老木匠易大船的大徒弟于钟声和其孙女易小船偷偷恋爱了，吃醋的二徒弟尹东义给于钟声使坏，在邻居家房梁上做了手脚。于钟声上当以致屋里的孩子死亡，锒铛入狱。狱外，心里还爱着于钟声的易小船迫于种种无奈嫁给了尹东义，而狱中的于钟声得知此消息悲愤交加，誓言报仇……
故事的主人公是反恐特战队队长钟原，他在执行任务中成功击毙了猛犸组织的二号人物，却因此引来了该组织的复仇行动。在解救妻子赵欣的过程中，钟原不幸被注射了一种病毒，导致他倍受折磨。与此同时，DK生物公司的董事长江寒（何晟铭 饰）邀请赵欣（牟星 饰）及其父亲参加公司的“有益菌”研究项目。赵欣是生化专业的高材生，也是钟原的初恋情人。在钟原所在的反恐指挥中心得知T国的请求后，决定派遣专家潜入DK公司调查。赵欣在失去爱子后主动请缨“退出现役”，深入虎穴，开始调查有关DK公司的情况。随着一系列接连不断的恐怖事件发生，一个名为“新纪元计划”的阴谋逐渐浮出水面。钟原尽管身处病痛之中，仍然率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员，决定绝地出击。在他的爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的协助下，他们成功粉碎了恐怖组织的连环阴谋和生化袭击，揭露了江寒利用“有益菌”制造病毒的真实计划。
故事发生在抗日战争时期。正在围猎的战狼（吴奇隆 饰）、桩子（谢孟伟 饰）和冬儿（杨婷婷 饰）巧遇游击队与日军在山上交火，眼看游击队要吃亏，他们迅速施以援手，救下王爱（甘婷婷 饰），并截获了日军毒气原料。恼羞成怒的日军疯狂报复，对村民施实了惨绝人寰的屠杀，战斗中战狼受伤被俘，后在地下党何医生（叶祖新 饰）等协助下逃脱。被抓的桩子从兵工厂逃跑时带走一个哑巴（胡洋 饰），岂料此人是日本特务，他想通过桩子查找毒气原料的下落。被战狼救下的王爱渐渐对战狼产生爱意，但后来王爱不幸被捕。在一次执行任务时，战狼遇见杀父仇人青木（赵会南 饰），一时的冲动令他再次落入虎口......
