在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
万年之前，仙王牧云因持有诛仙图而遭人暗算，残魂沉睡万年之后，在天运大陆南云帝国有名的“废物牧云”身上觉醒。牧云初醒，就受到了学生妙仙语的刻意刁难，牧云轻松的就化解了妙仙语的陷阱，并举一反三的说出了更多的炼丹技巧，让门外的炼丹大师莫问赏识不已。回到家中，牧云得知了要与秦家小姐秦梦瑶结亲的消息。秦梦瑶寒毒在身，活不过二十岁，结亲不过是为了牧家和秦家的利益。但牧林辰的劝说下，牧云以炼丹为条件，答应了这门亲事。炼出了淬骨丹，牧云的修为有了第一次提升。莫问时常来找牧云请教，而秦时雨一直想请莫问来治疗孙女秦梦瑶。莫问暗示让牧云一试，牧云阴差阳错下唤醒了体内的诛仙图，得知秦梦瑶体内的并非寒毒，而是冰凰神魄。牧云治好了秦梦瑶，冰凰神魄的力量使得秦梦瑶修为突飞猛进。在见识到了牧云的能力后，秦梦瑶对牧云充满了好奇和兴趣，于是成为了北云学院的导师，和牧云教导同一个班级。而追求秦梦瑶不成的东方玉，嫉妒仇恨之心燃起，誓与牧云势不两立。 牧云借着诛仙图突破修为，去北云山脉历练，妙仙语执意同行，途中牧云以一人之力猎杀十几头紫毛猎狼，让妙仙语十分震惊。而被人指派暗杀幕运动柳山四煞一路尾随，趁牧云脱力之机会，纷纷现身准备对牧云下手。
超兽战队被冥王打入封印雪皇的元冥黑洞空间，在逆境中大家遇到雪皇，雪皇回忆起了自己的往事，天羽因为她想起自己的意念，所以她才想起超兽战队的伙伴们，所以决定重新回到超兽战队，超兽战队凭借自己的信念加上雪皇的帮助冲出元冥黑洞。
以水乡绍兴为背景，主人公机智可爱，剧情精彩纷呈，动画制作精良，歌曲清新婉丽，似缓缓展开的一轴绍兴特色江南画卷，吞吐千年文化之神韵。
先启之力，芯石能源；一念向善，一念为恶。岳骏天，在一次调查采访时卷入云城“先启”间的斗争；江心，为阻止李尊元的统治计划来到云城。两个人相互影响，一个解开身世之谜，另一个完成自我救赎，共同对抗李尊元。
白月初和苏苏接续了一个新的续缘任务，为森林之王月啼族的家主月啼休与她的续缘恋人破镜重圆。而她的续缘恋人，就是白月初的死党胡尾生。前世，胡尾生是一个孤独的伐木工，与小暇有缘无分，甚至在二人准备私奔的路上溺死在洪水中，今生，他们能够再次在一起吗？
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